Pastor zboru Alfred Kurzawa latem 1939 r. wyjechał do USA na konferencję dla kaznodziejów. Podczas wojny zbór prowadził działalność charytatywną i patriotyczną, m.in Helena Kurzawa, żona nieobecnego pastora, w mieszkaniu urządziła miejsce wymiany tajnej korespondencji oddziałów Armii Krajowej. Pomoc charytatywna zboru objęła także uwięzionych Polaków i Żydów, także na terenie Getta.
Już podczas pierwszych dni Powstania Warszawskiego, w sierpniu 1944 r., spalona została kaplica przy ul. Wolskiej, a 19 osób znajdujących się na zborowej posesji rozstrzelano w pobliskiej fabryce Franaszka. Przeszło 30% członków zboru zostało rozstrzelanych lub zginęło w niemieckich obozach koncentracyjnych, inni zostali wywiezieni na roboty do Niemiec, a część wyjechała do innych miast. Zbór praktycznie przestał istnieć.
(na zdjęciu zbór w 1944 r. Z lewej 11-osobowe rodzina Kasperskich rozstrzelana przez Niemców na podwórku zborowym niedługo po zrobieniu zdjęcia)